提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
外媒积极展望2023 世界对中国充满期待!******
国际在线专稿:2022是不平凡的一年,在复杂严峻的国内外环境下,中国依然在经济社会发展各领域取得可圈可点的成绩,交出一份份令世界瞩目的答卷。伴随着2023热闹开局,古老而日新的中国已然扬帆驶入了新的征程。近日,多家外媒热议中国新气象,国际社会各界积极展望2023年中国蓬勃发展的前景。有外媒称,中国将继续成为世界经济增长的引擎。
巴基斯坦《每日时报》1月3日报道截图
巴基斯坦《每日时报》1月3日刊发一篇题为《中巴经济走廊2023:希望与挑战》的专栏文章称,在中国优化调整疫情防控措施和巴基斯坦经济局势动荡等多重形势下,2023年的中巴经济走廊(CPEC)将面临新的希望与挑战。文章作者指出,巴中两国在教育、文化等领域的交流与合作正在日益加强。此外,基于中巴自贸协定第一阶段和第二阶段的全面展开,2023年巴中贸易格局将获得进一步拓展。
日前,《每日时报》还曾发布另一篇题为《中国—2023》的评论文章,认为新的一年中国国家领导人习近平将在区域与国际政治中扮演更加重要的角色。文章指出,过去十年中,习近平主席在政治与经济领域向世界表达了中国观点,表现卓越。自2013年以来,他展现出雄心壮志,希望领导中国人民实现梦想,“2023年,习近平主席将进一步推动构筑‘中国梦’”。
文章提到,2022年12月,习近平出席首届中国-海湾阿拉伯国家合作委员会峰会,中阿关系的深化加强将在未来助力中国梦的实现。此外,文章作者还强调,2023年将迎来“一带一路”倡议提出十周年,“数据表明,这项倡议在很大程度上取得了成功。随着其推行接近十年,该战略与国内政策的融合将更加系统化,并与中国西部地区的发展及全球化紧密相连。”
美国有线电视新闻网1月2日发表报道展望2023中国新气象,指出中国新阶段疫情防控政策的优化调整可能将对世界经济产生巨大影响。报道称,2023年中国经济的回升将为依赖中国的经济体发展提供至关重要的推动力。报道还提到,中国放宽出入境政策后,一些国家表示热烈欢迎,纷纷通过大使馆与文旅部门在社交媒体上向中国游客发出邀请。尽管有部分国家采取仅针对中国的入境限制,但很多医疗卫生专家都对此提出批评,指出其缺乏科学依据,存在煽动种族主义与仇外情绪的风险。文章最后写到,随着中国逐渐开放国门,更多高层对话与国际交流已在筹备中,法国总统马克龙、荷兰首相吕特、意大利总理梅洛尼及美国国务卿布林肯等都有望在今年访华。
俄罗斯战略文化基金会网站2022年12月31日报道称,中国正在制定一系列措施,加快推动2023年经济增长。文章指出,值得注意的是,中国计划通过提升对创新型、高质量产品(特别是绿色产业)的新需求来刺激消费,扩充国民对低碳产品的需求。文章援引中金公司的分析师评论表示,2023年中国经济增长将转向由数字和绿色经济主导的发展模式。
西班牙《经济学家报》报道截图
西班牙《经济学家报》不久前发文称,据美国彭博社预测,2023年全球经济增速或将为2.1%,在几大主要经济体当中,中国经济增长将更加突出,是推动全球经济增长的最大贡献力量。报道综合经合组织与彭博社的预测结果指出,美国明年经济增长约为0.4%,欧盟经济增长或为0.2%,中国经济增长则有望达到4.7%。西班牙埃尔卡诺皇家研究所高级研究员马里奥·埃斯特万表示,中国将继续成为世界经济增长的引擎,中国庞大的经济规模及其增长速度都表明了中国是稳定世界经济的中流砥柱。(史赫奕 王鲁平 黄蓉)